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农产品购进的增值税抵扣政策与工业品不同，不但可以凭增值税专用发票抵扣，也可以根据普通发票和纳税人自填的《收购发票》抵扣，而且不需要通过认证和比对，所以近年来，农产品进项税一直是增值税一般纳税人税收筹划的热点。
政策规定
1、《财政部、国家税务总局关于提高农产品进项税抵扣率的通知》规定：经国务院批准，从2002年1月1日起，增值税一般纳税人购进农业生产者销售的免税农业产品的进项税额扣除率由10%提高到13%。
2、《财政部、国家税务总局关于增值税一般纳税人向小规模纳税人购进农产品进项税抵扣率问题的通知》规定：增值税一般纳税人向小规模纳税人购买农产品，可按照《财政部、国家税务总局关于提高农产品进项税抵扣率的通知》的规定，依13%的抵扣率抵扣进项税额。
上述文件说明：①增值税一般纳税人购进农产品，不论是从农业生产者手中购买的还是从经营者手中购买的，也不论是自己开具的《收购发票》还是取得的普通票或增值税专用发票，一律允许计算抵扣进项税。②进项税的抵扣比例由10%提高到13%，与增值税一般纳税人销售农产品的增值税税率相同。
税收筹划点
农产品进项税抵扣率提高后，一方面，企业比原来多抵扣3%的进项税；另一方面，购货方一般纳税人进项税额的提取比例与销货方一般纳税人增值税的税率相同，使纳税人的农产品进货渠道比原来拓宽了，因此，一般纳税人农产品进项税的筹划欲望更强了。
1、直接开具收购发票从农业生产者手中收购农产品，比从个体户和企业集中进货更划算，一是成本低。幅度(理论值)至少等于税法规定10%的平均成本利润率。二是进项税额扣除率相同。所以，多数增值税一般纳税人，在自己收购和向企业或个体户批量采购的预选方案中，选择了自己收购的方案。
2、因从企业购进取得普通发票与取得增值税专用发票价税合计总金额相同，增值税一般纳税人取得普通发票按价税合计的13%提取进项税，取得增值税专用发票则按不含税价计算提取进项税，两者计算的结果不同，实际抵扣的进项税额也不同。
如：购进玉米(1695,-18,-1.05%)价税合计同样是50万元，取得普通发票按总金额按13%的扣除率计算抵扣进项税额为6.5万元(50×13%＝6.5万元)；取得增值税专用发票则抵扣的进项税额为57522.12元([500000÷（1+13%)]×13%＝57522.12元)，比取得普通发票少提进项税7477.88元，比例为取得普通发票已抵税款的11.50%[(65000-57522.12)÷65000×100%]。这样，如果一个企业年消耗应取得增值税专用发票，而取得普通发票的进项税5000万元，就可以多抵扣税款、少交纳增值税575万元(5000×11.50%=575万元)。
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